Vor rund 200.000 Jahren ergossen sich die Eismassen des rießeiszeitlichen Rheingletschers in das Gebiet zwischen dem Haisterkircher Rücken im Norden und dem Ziegelbacher Berg im Süden. Dadurch konnten die Eismassen seitlich nicht ausweichen und schürften ein tiefes Becken aus, das später im Osten durch die vom Gletscher aufgeschütteten Moränenwälle abgeschlossen wurde.
Als der Gletscher der Rißeiszeit abschmolz, füllten die mitgeführten Schotter und Sedimente das Becken allmählich auf sein heutiges Niveau auf. Seine endgültige Form erhielt das Wurzacher Becken jedoch erst viele Jahrtausende später als der Gletscher der Würmeiszeit vor 20.000 Jahren das Becken nach Westen zu abriegelte.
Das Wurzacher Becken wird durch die durch die äußere Endmoräne der Risseiszeit, der Endmoränen der Würmeiszeit, dem Haisterkircher Rücken und dem Ziegelberg begrenzt.
Im Nordosten des Wurzacher Beckens erstreckte sich, in einer Vertiefung liegend, ein großer Eisstausee. Dieser bildete die Grundlage des heutigen Wurzacher Riedes. Denn im Laufe vieler Jahrhunderte verlandete der See allmählich und wandelte sich in ein grundwasserbeeinflusstes Niedermoor um. Bald siedelten sich in unserer regenreichen Region jedoch Torfmoose an. Die wurzellosen Torfmoose wuchsen damals wie heute jedes Jahr ein Stückchen nach oben, so dass der Kontakt zum Grundwasser verloren ging und die Ernährung des Moorkörpers durch Regenwasser erfolgte. Ein Hoch- oder Regenmoor war entstanden. Die unteren Teile der Torfmoose sterben übrigens ab und vertorfen und bilden letztendlich die mächtigen Torfkörper der Hochmoore, in unserem Fall die des Wurzacher Riedes, dem größten Hochmoorkomplex Mitteleuropas.
Neben dem Wurzacher Ried beherbergt das Wurzacher Becken noch ein weiteres, europaweit bedeutendes Juwel – den Rohrsee. Seine Entstehung verdankt der Rohrsee ebenfalls der Würmeiszeit, als der Gletscher bei seinem Rückzug eine mit Toteis gefüllte Senke zurückließ. Als das Eis abschmolz entwickelte sich ein, von einigen Inseln durchsetzte und von Verlandungszonen umgebene Wasserfläche. Bereits 1938 unter Naturschutz gestellt, gehört der Rohrsee zu den ältesten Naturschutzgebieten Deutschlands. Als Brut- und Rastplatz für eine außergewöhnlich artenreiche Vogelwelt genießt der Rohrsee europaweite Bedeutung. landschaftlich gehört der Rohrsee zu den schönsten Seen Baden – Württembergs und beherbergte früher die größte binnenländische Lachmövenbrutkolonie in Süddeutschland.
Der Rohrsee wurde 2001 zusammen mit dem Wurzacher Ried der EU als FFH-Gebiet gemeldet (Gebiet 8025-341 „Wurzacher Ried und Rohrsee“). Im Rahmen der Nachmeldung von Vogelschutzgebieten wurde der Rohrsee 2007 auch als Vogelschutzgebiet gemeldet (Gebiet 8125 „Rohrsee“). Durch die Verordnung des Ministeriums für Ernährung und Ländlichen Raum zur Festlegung von Europäischen Vogelschutzgebieten (VSG-VO) vom 05. Februar 2010 wurden die Grenzen des Vogelschutzgebietes und die Erhaltungsziele festgelegt.